这是本案最容易被企业误解的地方。企业最后确实拿到了一个对自己有利的司法结论，自然资源部门作出的行政决定程序违法。但法院并没有直接撤销这个行政决定。原因是如果撤销该行政决定，可能对国家利益、社会公共利益造成重大损害。于是法院采取了一个非常特殊的处理方式：确认行政行为违法，但不撤销行政行为。二审最终维持这一结果。