本案另有价值的其实是程序问题。在正式作出《履行矿山地质环境恢复治理义务行政决定书》之前，自然资源部门已经向企业下过《限期恢复治理通知书》和《催告书》。行政机关提出"我们已经通知企业很多次了，企业也知道存在问题，所以最后作决定的时候，程序不可能还有问题"。但法院认为，前面的通知虽然存在，但这些文书没有明确告知企业享有陈述、申辩权，也没有真正听取企业的意见。因此，即使企业此前已经通过各种会议、现场检查等方式知道政府认为矿山存在问题，也不能简单代替正式行政程序中的陈述、申辩权。最终，法院确认行政机关作出的恢复治理行政决定程序违法。但由于案件涉及国家重点文物保护单位敦煌莫高窟的文物安全和生态环境，撤销该决定可能造成重大公共利益影响，因此法院没有直接撤销，而是判决确认违法、不予撤销。二审维持了一审结果。